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深海型海床基主要應用于水深較大的海域，通常在深海平原或水深大于200m的區域。深海型海床基，搭載傳感器較多，材料堅固，可抗高壓。由于布放深度較大，通常不需要防拖網功能。如INGV設計的GEOSTAR海床基最大布放深度達4000m,平臺尺寸長3.5m,寬3.5m,高3.3m,空氣中重2.5t,水中重1.4t,可承受30kN的深海壓力，主要用于觀測海洋環境參數，如溫度、鹽度、流速等，以及進行海底壓力變化的觀測。
與淺海型海床基類似，深海型海床基也可以根據具體應用需求分為一般型和特殊型。一般型海床基主要滿足基本的海洋環境觀測需求，而特殊型海床基則可能具有更高級別的觀測和分析功能，例如，對海底熱液噴口等特殊環境的觀測。
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